ポケモンの性格や個体値、エンカウント等々は全て「SEED」という値を基に決定されています。
この「SEED」はある程度プレーヤーが調節することが可能なため、
「色違いの卵を作る」「高い個体値の伝説ポケモンを捕まえる」といったことが意図的に可能になります。
 
簡単に言うと「SEED」は、乱数の「種」だと思ってください。
ポケモンを起動し「つづきからはじめる」を押した瞬間にある「SEED」が決まり、
その後プレーヤーが取った行動によって「乱数が消費」され、「SEED」が刻々と変化していきます。
「つづきから～」を押した瞬間に決まる「SEED」は「初期SEED」、
初期SEEDからプレイヤーの行動によって変化した「SEED」は「現在のSEED」と呼ばれています。
 
このことから、ポケモン起動後、一定の行動をとって「現在のSEED」を出すことができれば、
逆算して「初期SEED」を求めることができます。
さらに「初期SEED」から、どのような行動をとれば「現在のSEED」を目的の値
（色違いの卵を手に入れたり、高い個体値のポケモンと遭遇したりする「SEED」など）が分かれば、
自然に色違いの卵や高個体値を待つよりはるかに効率良く手に入れることができます。
以下、ダイヤ・パール・プラチナで「色違いの卵」を効率良く作る方法を紹介。
できるだけわかりやすく、初心者向けに書いたつもり。
この手順通りに行えばほぼ100%色違いが手に入ります。
 
ここで使用しているROMはプラチナです。
 
○準備するもの
・自分のID、裏ID※
・外国産のメタモン(DITTO)※2
・「あまいかおり」を覚えたポケモン(トロピウスなど)
・「そらをとぶ」を覚えたポケモン
・欲しい色違いの親となるポケモン
・孵化促進のため「ほのおのからだ」「マグマのよろい」の特性を持つポケモン(マグカルゴなど)
・不思議な飴と各種ドーピング薬各10個程度
・捕獲のためのボール(何でも良い)
・ポケッチ No.6 なつきチェッカー
・ポケッチ No.15 コイントス
・SEED逆算ツール(http://www1.axfc.net/uploader/He/so/205118&key=321)
・個体値判定ツール（色々な所にあるので自分が使いやすいものを選んで下さい）
 
※ 裏IDを調べるには自然発生した色違いのポケモン1匹か、ポケトレ連鎖で捕まえた色違い5-6匹必要です
 　煩雑なので求め方はここでは述べません
 　NDS Adapter を持っているならsavデータPCに取り込み、それをpokesavに読ませればすぐにわかります
 
※2 GTSなどで手に入れる。「かわらずのいし」は持たせないこと
　　 持たせても外国産のポケモンとの交配では性格は遺伝しない
 
○方法
1: 　　育て屋に外国産のメタモンを預ける
 
2: 　　先頭を「あまいかおり」を覚えたポケモンにしておく
   　　 手持ちの数は準備するポケモン含め5体にする
 
3:　　 ポケッチをNo.5 手持ちポケモンにしておく
 
4: 　　229番道路へ行き、草むらの中でセーブ
 
5: 　　DSを起動させ、内蔵時間を確認(例:23時30分)
 
6: 　　B→B→AでDSの電源が切った後、すぐにDSの電源を入れてA連打
 
7: 　　すぐに「あまいかおり」を使い、出てきたポケモンを捕まえる
 　　   ポケモンにエンカウントするまでの時間が重要なのでできるだけ急ぐ
 　　   捕まえるにはいくら時間がかかっても大丈夫
 
8: 　　捕まえたポケモンの個体値を、不思議な飴やドーピング薬を使って確定する
 
9: 　　SEED逆算ツールを起動し、「STEP-1 捕まえたポケモンの個体値をもとに現在の乱数シードを特定する」の欄に
　　　 先程捕まえたポケモンの個体値と性格を入力し、「計算」ボタンを押す

　　　

 
10: 　すると下の欄に「候候補1 = 0x8D2BCC08 , PID = 0x5D0B384D なまいき, 特性値 = 2 性別値 = 77」
       というリストが出てくる
　　　
 　　　候補というのは現在のSEEDのこと
 　　　この現在のSEEDから初期SEEDを求めていく
 
 　　　（ちなみにPIDとは性格値のこと
 　　　野生で捕まえたポケモンは性格値と個体値が連動しているが、
 　　　孵化産のポケモンは卵ができた瞬間に性格値が決定し
 　　　卵を受け取った瞬間に個体値が決定するため、連動していない）
 
　　　 候補が複数出てきた場合は特性や性別から判断する
 　　　性別比が♀:♂=1:1のポケモンの場合、性別値が126以下だと♀、127より以上だと♂
 　　　イーブイのように性別比が異なるポケモンの場合、例えば♀:♂=1:7なら、30以下だと♀、31以上だと♂となる
 　　　それでもうまく行かないようなら5からやり直し
 
11: 　現在のSEEDが求まったら「STEP-2 シード逆算リスト」の時間の欄にDSの内蔵時間の「時間」(例:23)を入力
 　　　「シードの逆算リスト」を押す
 　　　
 
12: 　テキストに「-X回目, 0xABCDEFGH」といった数字とアルファベットの列がでてくる
 　　　
 　　　これが初期SEEDの候補の一覧
 　　　頭の「0x」は16進数であることを示し、「CD」はDSの起動時刻を16進数に直したもの (23時なら17と表示)、
 　　　「EFGH」はポケモンを起動してから「つづきからはじめる」までの時間をある計算式に従って計算した値
 　　　6でA連打して続きから始めた場合、「EFGF」はだいたい0250～0350の値を取る
 　　　(025○, 026○, 027○, 028○, 029○, 030○, 031○, 032○, 033○, 034○, 035○、○には0～Fが入る)
 　　　「AB」は変動が大きいため無視して大丈夫
 　　　「EFGH」が0250～0350となる初期SEED候補の中で、リストの一番上にあるSEEDが初期SEED
 
13: 　初期SEEDが求まったら「色違いタマゴを作ってみたい」の「最初のシード」にその値をコピペ
 　　   自分のIDと裏IDを入力し、「国際結婚」と「色違いのみ出力」にチェックを入れて「PIDリストを出力」を押す
 　　　
 
14:　 テキストに「00178回目, 195851EE, れいせい, 1,238, ★」と書かれたリストが出てくる。
    　　これは、示された数字分の乱数を消費するとリストのポケモンの卵ができることを意味する。
 　　　
 　　　さっそく試してみよう！！
 
15: 　卵の乱数(孵化乱数)は次の４つの行動で消費される
 　　　「ポケッチ No.5 なつきチェッカー表示時のロード」
 　　「ポケッチ No.5 なつきチェッカーをダブルクリック」
 　　「ポケッチ No.15 コイントスでコインを投げた時」
 　　「卵をもらうとき」
 　　　乱数消費数は
  　　 「なつきチェッカーの表示時のロード」と、「なつきチェッカーをダブルクリック」したとき手持ちのポケモンの数×2、
 　　　(手持ちが6匹なら12、卵は手持ちに数えない)
 　　　「コイントス」は1
　 　　「卵をもらうとき」は1
 　　　なつきチェッカーの表示時のロードとは、他のポケッチアプリからなつきチェッカーを表示したり
 　　　なつきチェッカーを表示したままメニューを開いたり閉じたり、民家に入ったり空を飛んだりした時のこと
 
 　　　試しに178回目の色違いを狙う
 　　　まず卵を受け取る時に乱数を1消費するので1引いて177回
 　　　これを12で割ると14余り9
 　　　つまり14回なつきチェッカーをダブルクリックし、9回コイントスした後、
　　　 育て屋から卵を受け取ると色違い、ということになる
 
16: 　まず「ポケッチ No.5 手持ちポケモン表示」から「ポケッチ No.6 なつきチェッカー」にするため
 　　　ポケッチのボタンを1回押す
   　　 この時、乱数が12消費されるのであと13回なつきチェッカーをダブルクリックする。
   　　次にポケッチ No.15 コイントスにポケッチを切り替えて9回コイントスをする
 
17: 　「そらをとぶ」でズイタウンに移動、育て屋に色違いにしたい親のポケモンを預ける
 
18: 　自転車に乗って卵が出来るまで待ち、出来たら孵化させて確認
   　　 色違いでなかったらどこか計算ミスの可能性大
    　　13の「色違いのみ出力」のチェックをはずし、PIDリストを表示させる
    　　自分が狙った色違いのポケモンの前後に、孵化させたポケモンがいないか確認する
    　　いるのであれば、慎重に乱数を計算して次の色違いが出てくる乱数まで消費する(14～17を繰り替えす)
    　　いなかったら初期SEEDが間違っている可能性があるので5からやり直し
 
 
実際にやってみたらできました！！
 
 
 

○注意事項
！育て屋に預けた親を変更しても乱数は消費されません
　 なので一度初期SEEDが求まったら複数種の色違いをGETできます
！なつきチェッカー開きっぱなし要注意
　メニューを開くだけで乱数が消費されます
　ダブルクリックし終わったら別のポケッチアプリにしておきましょう
 
！卵の受け取りを拒否した場合でも乱数が1消費されます
　ただし「てもちがいっぱい～」といわれ受け取れない場合は乱数は消費されません
 
 
 
一度成功すれば、この手順のどこを変更しても問題ないか分かると思います。
自分のやりやすい方法を見つけて下さい。
慣れれば色違いと性格を爺前固定で決めてしまい、良個体値ポケモンを狙うことが可能です。
乱数調整を応用して固定シンボルの色違いや高個体値を狙うこともできますが
難しさが半端じゃないのでそれはまた別の機会にでも。